Po śmierci Grzegorza XVI zebrało się konklawe, na którym wybrano nowego papieża. Został nim Giovanni Maria Mastai - Ferretti, który koronowany przyjął imię Pius IX.
Pius IX ogłosił powszechną amnestię dla więźniów politycznych, utworzył Radę Ministrów i milicję obywatelską, przywrócił ustrój gminny w Rzymie i utworzył Radę Państwową. Ogłosił konstytucję, tzw. Statut Fundamentalny dla Rządów Doczesnych w Państwach Świętego Kościoła.
W okresie Wiosny Ludów 1848 r. papież musiał w przebraniu mnicha uciekać do Gaety. 9 lutego 1849 r. proklamowano Republikę Rzymską, pozbawiając papieża władzy świeckiej. Pozostawiono papieżowi jedynie prawo pełnienia funkcji religijnych. Po zakończeniu Wiosny Ludów papież powrócił do Rzymu, gdzie chroniony był przez francuski garnizon.
Pius IX w 1869 r. zwołał Sobór Watykański I - XX Sobór Powszechny, który ogłosił dogmat o nieomylności papieża przemawiającego w imieniu Kościoła ex cathedra. 18 lipca 1870 r. papież odroczył obrady soboru na czas nieokreślony. Wojska włoskie wkroczyły do Rzymu likwidując resztki Państwa Kościelnego. Wszystkie posiadłości papieża zostały włączone do powstałego w 1860 r. Królestwa Włoch. Rząd włoski ogłosił papieża osobą suwerenną i nietykalną. Ustalił dla niego rentę, dotację i przyznał mu pałac w Watykanie i na Lateranie oraz willę w Castel Gandolfo wraz z przyległościami. Pius IX pozostał w Watykanie i uznał się za więźnia.
W roku 2000 papież Jan Paweł II ogłosił Piusa IX Błogosławionym.