Po śmierci Piusa XII, na konklawe papieżem wybrany został Angelo Giuseppe Roncalli, który przyjął imię Jan XXIII. Podczas koronacji nie pozwolił kardynałom całować swoich kolan i stóp, a tylko pierścień.
Na pierwszym konsystorzu Jana XXIII zmienił liczbę w kolegium kardynałów z 70 do 87, nadając mu charakter międzynarodowy. Liczbę członków kolegium zmieniono po raz pierwszy od czasu Sykstusa V (1585 - 1590).
Papież zwołał w dniach 24 - 31 stycznia 1960 r. w Bazylice Laterańskiej pierwszy synod w dziejach Rzymu.
16 kwietnia 1962 r. papież postanowił, że każdy kardynał musi być również biskupem. 5 września 1962 r. zalecił, by nie palić wyników wyborów papieża, lecz przechowywać je w archiwum.
Jan XXIII 11 października 1962 r. zwołał sobór powszechny Watykański II. Po raz pierwszy w dziejach Kościoła papież przyjął na audiencji arcybiskupa anglikańskiego Geoffrey'a Fishera z Canterbury. Kościół katolicki po raz pierwszy uczestniczył w roli obserwatora w zgromadzeniu Światowej Rady Kościołów obradującej w Delhi w 1961 r.
Jan XXIII był pierwszym papieżem, który złożył prezydentowi Włoch wizytę na Kwirynale.
Jan XXIII zmarł w Watykanie i został pochowany w bazylie św. Piotra.
W roku 2000 papież Jan Paweł II ogłosił Jana XXIII błogosławionym.